بنایی تاریخی که به دلیل سبک معماری خاص بسیار مورد توجه پژوهشگران و باستان شناسان قرار دارد.تصور عموم بر این است که در بقعه دوازده امام قبرهایی باید وجود داشته باشد اما هیچ اثری از قبر و آرامگاه در این مکان نیستو هنوز کسی نمی داند علت نامگذاری این بنا به بقعه دوازده چیست. این بقعه باستانی در سال 429 هجری قمری بر زمین آتشکده ای که متعلق به دوران ساسانیان است ساخته شده. آن چیزی که این بقعه را از دیگر آثار تاریخی جدا می کند برپا بودن آن پس از گذشت هزار سال که خود بسیار جای بحث وتفکر دارد. بقعه دوازده امام در نزدیکی مدرسه ضیائیه قرار دارد که نشان می دهد این دوبنا شاهد حوادث تلخ وشیرین تاریخ ایران زمین در طی دوران های مختلف هستند. این اثر از نظر سبک بنا و نقش و نگار و کتیبه کوفی رنگی ، اهمیت والایی در معماری اسلامی دارد. همه این شگفتی ها در کنار هم دست به دست هم داده تا ساعت ها گردشگران به تماشای شگفتی های شهر یزد بنشینند و با استفاده از امکانات و تجهیزات هتل الزهرا یزد خاطره هایی ماندگار و شبی مملو از آرامش با رزرو هتل الزهرا یزد برای خود بسازند.